Postao papom 5. jula 649. godine baš u vreme jarosne raspre pravoslavnih s jereticima monotelitima (jednovoljnicima). Carovaše tada Кonstans II, unuk Iraklijev, a patrijarh carigradski beše Pavle. Da bi uspostavio mir u crkvi sam car napisa knjižicu Gipos, koja bi veoma po volji jeretika. Papa Martin sazva sabor od sto pet episkopa, na kome se osudi ova knjižica careva. U isto vreme napisa papa pismo patrijarhu Pavlu moleći ga da se drži čiste vere pravoslavne i da cara savetuje, da se okane jeretičkih mudrovanja. To pismo razljuti i patrijarha i cara. I car posla nekoga vojvodu Olimpija u Rim, da dovede papu vezana u Carigrad. Vojvoda se ne drznu vezati papu, ali nagovori jednog vojnika, da ga mačem ubije u crkvi. No kada vojnik uđe u crkvu s mačem skrivenim, najedanput oslepi. Tako Promislom Božjim Martin izbeže smrt. U to vreme napadahu Saraceni na Siciliju, i vojvoda Olimpije ode u Siciliju, gde i umre. Tada spletkom patrijarha-jeretika Pavla car posla drugog vojvodu, Teodora, da veže i dovede papu pod optužbom, da on, papa, stoji u dosluhu sa Saracenima, i da ne štuje Prečistu Bogomater. Кada vojvoda stiže u Rim i pročita optužbu protiv pape, ovaj odgovori, da je to kleveta, da on nema nikakve zajednice sa Saracenima, protivnicima Hrišćanstva, „a prečistu Bogomater ako ko ne štuje i ne ispoveda i njoj se ne klanja, da bude proklet i ovoga i onoga veka”. No to ne izmeni odluku vojvodinu. Papa bi vezan i doveden u Carigrad, gde bolan prebolan ležaše dugo u tamnici, mučen teskobom i glađu, dok najzad ne bi osuđen na progonstvo u Herson, gde požive dve godine i skonča predav dušu svoju Gospodu, radi koga je mnogo postradao, 655. godine. Na dve godine pre njega umre okajani Pavle. I kad ga car poseti pred smrt, on okrete glavu duvaru i plakaše ispovedajući da je mnogo grešio protiv pape Martina, i moleći cara da Martina oslobodi.